农产品除了蔬菜肉蛋在生产环节和流通环节都免税外，其他农产品只能在生产环节免税，建筑业购买苗木都属于购买农产品。购买农产品收到的发票一般有以下四种情况及相应抵扣规定：

　　1.从非农业生产者(一般纳税人)购进，取得9%增值税专票，直接按票面注明的税额勾选抵扣。

　　2.从非农业生产者(小规模纳税人)购进，取得3%专票(暂不考虑新政1%及免税情况)，在发票系统做不勾选抵扣，按票面金额*9%计算抵扣。

　　3.从农业生产者(自然人)购进农产品取得免税发票或收购发票，按票面金额*9%计算抵扣。

　　4.收到从非农业生产者(自然人)开具的有税率的普通发票，不得做任何进项抵扣。

　　此外，上述第2点从非农业生产者小规模纳税人取得3%专票按9%计算抵扣，新政优惠政策变成1%及免税，基层税务机关已达成不成文规定，只要企业放弃新政优惠，开具3%专票，仍可按9%计算抵扣。根据法规可获知，理论上获得免税票及个人或小规模纳税人开具的普通发票均可以按照13%进行计算抵扣，但取得已有免税资格的企业开具的非免税普通发票，则不能作为抵扣凭证，也就是只要我们区分好免税非免税票即可清晰的知道哪种发票可抵扣哪种发票不可以，而事实上我国苗木产区分布广泛，各个省对苗木发票的监管程度不一，实务中很多时候无法凭票面判断其是否为免税票，由于免税票的特殊性，计算抵扣时亦不需要像其他增值税抵扣票那样到税务机关进行认证扫描，因为，苗木贸易企业的财务人员如果判断失误，没有及时发现，容易给企业带来不必要的损失。